Ya en los albores de la Humanidad, hubo seres humanos primitivos habitando los lugares que hoy forman parte de nuestro entorno. Aquellos hombres de la Prehistoria, al dejar restos de sus herramientas, armas y utensilios, nos han dado a conocer que vivieron, amaron y sufrieron donde hoy nos desenvolvemos nosotros. Hachas paleolíticas de piedra tallada encontradas entre guijarros, la afloración de un enterramiento de la Edad del Bronce descubierto al hacer labores de repoblación forestal, vasijas de cerámica de esta misma época halladas en terrenos de Peñas dan fe de ello.
En plena Edad Antigua nos encontramos con el primer nombre relacionado con nuestro pueblo. Su origen es evidentemente romano: Castrum Altum (lugar elevado, murado y fuerte).
En la Edad Media, en pleno siglo X, los árabes conocen con el nombre de Sanfiro o San Brito, nuestro “castillo”, mientras que textos latinos del medioevo lo denominan Rupe Sancti Petri.
Desde estas fechas hasta el siglo XVIII, el castillo y sus moradores vivirán en perfecta simbiosis los avatares de esta época histórica tan dramática y turbulenta.
Finalizando el siglo XII se produce una efímera ocupación de la fortaleza por tropas castellanas, que a su vez serán desalojadas por fuerzas árabes aprovechando la sorpresa propiciada por la oscuridad de la noche y una gran superioridad numérica. Los árabes lograrán hacer de la roca después de su conquista una fuerte y poderosa posición militar, que se mantendrá hasta el nacimiento del siglo XIII como baluarte protector del reino de taifa murciano.
A comienzos del siglo XIII, después de la batalla de las Navas de Tolosa —1212—, las fuerzas moras quedaron muy debilitadas, por lo que los soldados y colonos de Alcaraz aprovecharon la situación para reconquistar el ya denominado Castillo de las Peñas de San Pedro e incorporarlo definitivamente al dominio cristiano.
Parece ser que en 1242 ó 1243 los habitantes y plaza militar de Peñas pasan a manos de un nuevo señor, don Sancho Sánchez Mazuelo, protegido del príncipe don Alfonso (después Alfonso X el Sabio), para regresar de nuevo, a finales del siglo, al alfoz de Alcaraz, a cambio de la ciudad de Tobarra cedida por el concejo alcaraceño ha dicho rey.
El nacimiento del siglo XIV encuentra el castillo de las Peñas de San Pedro casi despoblado por las malas condiciones de vida y las constantes luchas. Para remediar esta situación se hace necesaria una repoblación, que es llevada a cabo por Alcaraz. Treinta familias aceptan repoblar a cambio de los privilegios y mercedes que les ofrecen, comprometiéndose a su vez a cuidar y reparar adarves y aljibes, y realizar otros menesteres.
En las luchas intestinas que barrían Castilla, los habitantes de Peñas se sublevaron a favor de don Pedro el Cruel, eligiendo el bando contrario al de Alcaraz con la intención de lograr su emancipación de este último.
Durante los siglos XIV y XV, el Castillo y sus moradores serán objetivo de las ambiciones de algunos nobles, y, así, alternativamente, caerá 
en manos de don Juan Sánchez Manuel, conde de Carrión, y de don Juan Pacheco, marqués de Villena; para volver una y otra vez a sus orígenes alcaraceños.
El avance de la Reconquista da seguridad y tranquilidad a las fronteras, alejando el temor de nuevas incursiones sarracenas por nuestras tierras. Esto permite a los habitantes irse asentando al pie del castillo, éxodo que terminará a finales del siglo XVIII.
Su obstinación en lograr su independencia frente a Alcaraz se verá recompensada con la carta otorgada en Valladolid el día 24 de marzo de 1537 por doña Juana, reina de Castilla, en nombre de su hijo, el emperador Carlos I, en la que se concede el título de villa a Peñas de San Pedro y la libertad tanto tiempo soñada.
En el siglo XVIII se construye la iglesia de Nuestra Señora de la Esperanza, patrona de la villa; el ayuntamiento, que cierra la Plaza Mayor, y el pilar, que trae hasta el centro de la población las aguas del manantial que nace en los cimientos del castillo. Al perder su valor estratégico-militar en el siguiente siglo, las edificaciones en lo alto de la roca fueron demolidas y la guarnición trasladada.
A principios del siglo XIX las gentes habían abandonado casi por completo el castillo, quedando solamente una guarnición militar que estableció su cuartel en la antigua iglesia adaptada para tal efecto.
En la tarde-noche del 10 de octubre de 1810 explotó el polvorín, situado en los sótanos del cuartel, a consecuencia de un rayo. La explosión de 100 quintales de pólvora provocó numerosos daños y desperfectos en la iglesia y otros edificios, causando la muerte de 19 soldados y varios heridos. Este hecho fue origen del declive del castillo, y así a partir de la segunda mitad del siglo XIX la fortaleza pierde valor estratégico y empieza a ser abandonada. Los restos del último gobernador del castillo reposan en el cementerio viejo de Peñas.
A lo largo del siglo XIX Peñas fue testigo de los enfrentamientos entre carlistas e isabelinos en las Guerras Carlistas.
El general Ramón Cabrera, conocido como “El Tigre del Maestrazgo”, ocupó el castillo durante la Guerra de los Siete Años, entre 1833 y 1840. Posteriormente, en 1874, se produce un hecho que los más antiguos del lugar cuentan a partir de los relatos de sus antepasados: las tropas carlistas, en su huida del ejército isabelino, pasaron por las Peñas causando gran susto y alboroto, aunque se limitaron solamente a solicitar a los vecinos comida y medicinas. Algunos heridos de gravedad fueron incluso atendidos en el hospital de la calle Mayor. Al día siguiente las tropas borbónicas pasaron por el pueblo en persecución de las tropas carlistas a quienes dieron alcance en Bogarra.